Журнал «Записки по гидрографии» был учреждён 11 (23) февраля 1842 года. С 1844 до 1852 год назывался «Записки Гидрографического департамента Морского министерства»[1][2][3].
Предшественниками «Записок по гидрографии» считаются «Морские записки» (1801), «Записки, издаваемые Государственным Адмиралтейским департаментом, относящиеся к мореплаванию, наукам и словесности» (1807—1827) и «Записки Гидрографического депо» (1835—1837)[4][5].
Авторы журнала — гидрографы, штурманы, гидрометеорологи, учёные, работающие по флотской тематике.
За всё время издания (по состоянию на начало 2012 года) вышло 437 номеров «Записок по гидрографии», включая 10 номеров «Записок Гидрографического департамента Морского министерства». В нём было опубликовано свыше 6000 статей 4742 авторов[7].
В журнале публикуются статьи по вопросам гидрографии морей и океанов, материалы гидрографических экспедиций, проводится обмен опытом между специалистами и научными учреждениями[9][10].